Na de wapenstilstand en de daaropvolgende bezetting van Frankrijk werden voor de propaganda en het thuisfront films gemaakt van de "glorieuze verovering van de Franse Maginotlinie" Van een aantal ouvrages werden bij deze akties blokken zwaar beschadigd door beschieting op korte afstand. De Duitse pioniers maakten een inventarisatie en beschrijving van de Maginotlinie en de Franse landsverdediging. Deze beschrijving werd opgenomen in het "Denkschift für die französische Landesbefestigung" dat in 1941 verscheen.

In de loop van de oorlog werden uit veel ouvrages al het bruikbare materiaal weggehaald. Elektrische installaties en motoren werden gebruikt in de Duitse oorlogsindustrie. Tourelles en koepels werden gesloopt en verdwenen in de hoogovens. Voor dit werk werden vaak krijgsgevangenen, afkomstig uit de landen van het tegenwoordige Oostblok, ingezet. Alleen La Ferté en Fermont bleven geheel intact. De eerste vanwege de gebeurtenissen die er zich in mei 1940 hadden afgespeeld (waarbij de gehele bemanning om het leven kwam) en Fermont dat dienst deed als voorbeeld van een ouvrage dat zich met succes had verdedigd tegen een Duitse aanval en dat door veel militairen bezocht werd.

Naarmate de oorlog verstreek en de geallieerde luchtbombardementen op de industriële complexen heviger werden, gingen de Duitsers hun fabrieken onder de grond verplaatsen. Ook de Maginotlinie werd ingeschakeld. In de ouvrages Rochonvillers, Molvange, Métrich, Hackenberg, Michelsberg, Anzeling en Hochwald werden aanpassingen gedaan om er een ondergrondse fabriek te kunnen installeren. Ook vonden er allerlei proeven plaats; holle ladingen veroorzaakten veel schade aan koepels en in het ouvrage Four-à-Chaux vonden experimenten met gas plaats. Tijdens een test werd een complete tourelle uit een gevechtsblok geblazen.


Bij hun terugtocht in 1944/1945 saboteerden Duitse troepen een aantal ouvrages in de Elzas. In ouvrage Hackenberg werd het M1 gedeetelijk opgeblazen en in ouvrage Michelsberg probeerden de terugtrekkende troepen tevergeefs de hoofdgalerij te laten springen. Vooral Ouvrage Hochwald kreeg het zwaar te verduren; alle gevechtsblokken en de kazematten in de anti-tankgracht werden met explosieven onbruikbaar gemaakt. De manschappeningang van Schoenenbourg werd zo zwaarbeschadigd, dat deze na de oorlog opnieuw opgebouwd is. Bij het verlaten van het ouvrage Hackenberg in 1944 lieten de Duitsers de aanwezig munitie ontploffen; het resultaat was dat de schokgolfdeur dichtviel en door het ontbreken van de deurpost krom werd.
Ook Amerikaanse troepen veroorzaken veel schade niet alleen bij de verovering van Simserhof en Hackenberg, maar ook door hun experimenten met holle ladingen Na vijf jaar oorlog en bezetting was de linie zwaar beschadigd. De ouvrages en kazematten in de sectoren Escaut, Maubeuge en Montmédy waren niet meer bruikbaar en dit gold ook voor alle Rijnkazematten. De vraag kwam naar voren of de Maginotlinie niet achterhaald was. Wat moest er gebeuren om deze weer enigszins bruikbaar te maken?